One Lambda AllType NGS AllType NGS 11-Loci Amplification Kit
- 研究用
AllType™ NGSアッセイは迅速性を実現したNGSベースのHLAジェノタイピングシステムです。
このアッセイは、シングルチューブで11ローカス全てのClass IおよびClass II遺伝子座を増幅させ、amplicon poolingの必要性がありません。
また、使用するシーケンサーに応じたバーコードキットが提供されており、選択したプラットフォームでシーケンス可能なライブラリを作成できます。
得られたデータは最先端の解析ソフトウェア（TypeStream™ Visual）により、自動的にジェノタイピングされます。
PCRから解析まで、3日以内に結果を得ることができます。
本製品は、AllType NGSアッセイを行うためのPCR増幅試薬です。
ThermoFisher社Ion S5™/Ion GeneStudio™ S5および、llumina社MiSeq™/MiniSeq™/iSeq™ 100でのシーケンスに対応しております。
またライブラリ作成キット、アダプター・バーコードキットは含まれておりません。お使いの機器に対応した製品を別途購入ください。
＜アップデート試薬のご案内＞AllType FASTplex NGSはHLAジェノタイピングをさらに迅速に行うことができます。
2018/05/14 12:00の製品情報
本製品は研究目的にのみ使用し、人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないようにご注意ください。
製品の特長
本製品の特長
対応するシーケンサーにMiniSeq/iSeq 100が追加されました！
- マルチプレックスPCRで、HLA class Iおよびclass II領域に位置する11ローカスの遺伝子を1つのチューブで同時に増幅
- Ion GeneStudio S5システム、MiSeq/MiniSeq/iSeq 100システム（Illumina）で解析可能 （※Ion PGMシステムには対応しておりません）
- 測定終了後は専用解析ソフトウェアTypeStream Visualで自動解析
- サンプル調整～測定～解析まで最短で2日、最大96検体を同時処理 （※使用する機器により最大サンプル数は異なります）
AllTypeの解析対象ローカスとその領域
| HLA Class I Locus | ターゲット領域 | HLA Class II Locus | ターゲット領域 |
|---|---|---|---|
| A | 5'-UTR ～ 3'-UTR(*) | DRB1 | Exon 2 ～ 3'-UTR(*) |
| B | 5'-UTR ～ 3'-UTR(*) | DRB3/4/5 | Exon 2 ～ 3'-UTR(*) |
| C | 5'-UTR ～ 3'-UTR(*) | DQB1 | Exon 2 ～ 3'-UTR(*) |
| (*)…3' UTRのイントロン領域も増幅 | DPB1 | Exon 2 ～ 3'-UTR(*) | |
| DQA1 | 5'-UTR ～ 3'-UTR(*) | ||
| DPA1 | 5'-UTR ～ 3'-UTR(*) | ||
AllType NGSのワークフロー
AllType NGSアッセイではLong RangeのMultiplex PCRを採用していますが、増幅は2.5時間程度で完了します。
その後、ライブラリー調整を経て次世代シークエンサーによるシークエンスを行い、解析を行います。
結果の取得までは2～3日となりますが、最適化されたプロトコールにより、ハンズオンタイムは最小限に抑えられています。
各装置でのシーケンスパフォーマンス
| プラットフォーム | シーケンス試薬 | 出力データサイズ | 最大解析サンプル数 | シーケンス時間 |
| Ion GeneStudio S5 | Ion 530 Chip | 6-8 Gb / 15-20 M reads | 48 | 21.5 h* |
| Ion GeneStudio S5Plus | 8 h* | |||
| MiSeq | Reagent Kit v2 | 4.5-5.1 Gb / 24-30 M reads | 96 | 24 h |
| Micro Kit v2 | 1.2 Gb / 8 M reads | 24 | 19 h | |
| Nano Kit v2 | 500 Mb / 2 M reads | 8 | 17 h | |
| MiniSeq | High Output Reagent Kit | 6.6-7.5 Gb / 44-50 M reads | 96 | 24 h |
| Mid Output Kit | 2.1-2.4 Gb / 14-16 M reads | 72 | 17 h | |
| iSeq 100 | i1 Regent | 1.2 Gb / 8 M reads | 24 | 17.5 h |
*Ion Chefによるテンプレート調製の時間は含まれません。
ご利用のシーケンサーにより、出力データ量や解析可能なサンプル数が異なります。実験内容に適した機器と試薬をご選択ください。
専用解析ソフトウェア（TypeStream Visual）による解析
ユーザーの方にはAllType専用解析ソフトウェアTypeStream Visualを無償でお届けしております。
スタンドアローンでの解析が可能で、Ion S5又はIlluminaプラットフォームからのデータに対応しています。
IMGT/HLAライブラリーは6か月毎にupdateを行い、精度と正確性の高いHLAタイピングを実現します。
※TSV2.0の利用はソフトウェアおよび認証キーが必要となります。詳細はお問い合わせください。
※解析に必要なデータファイルはOne Lambda社ホームページからのダウンロード、もしくは弊社にお問い合わせください。
